甘肃最高的山峰是阿尔金山，海拔5798米。
阿尔金山位于新疆东南部，东端绵延至青海、甘肃两省界上，是塔里木盆地和柴达木盆地的界山，也是甘肃的最高峰。
阿尔金山已于1985年建立自然保护区，是国内第三大自然保护区，保护着原始高原生态类型。
此外，甘肃的其他主要高峰包括：
党河南山，海拔5665米，位于肃北县东南约50公里处。
素珠链，海拔5547米，位于肃南裕固自治县境内，是祁连山的重要山峰。
透明梦柯冰川，海拔5483米，是祁连山北端最高的山体之一。
大雪山，海拔5483米，位于祁连山北端，因高山降水丰富而闻名。
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